La sede dell'ISSR all'Apollinare si trova in Piazza di Sant'Apollinare 49, nello storico Palazzo di Sant'Apollinare, sede della Pontificia Università della Santa Croce, nelle immediate vicinanze di Piazza Navona.
Nella sede si svolgono tutte le attività accademiche (lezioni, esami, esami di laurea e di laurea magistrale, eventi come giornate di studio, presentazione di libri e simili) e si trovano gli studi del Comitato Direttivo (III piano), la Segreteria (piano terra), l'ufficio amministrativo, la sala di lettura, la libreria interna, la mensa, ecc....
La Biblioteca dell'Università (a cui hanno accesso tutti gli studenti dell'ISSR all'Apollinare) e gli uffici di molti docenti dell'Istituto si trovano nello stabile di Via dei Farnesi 83, nel Rione Regola, a pochi passi da Piazza Farnese e Campo de' Fiori.
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